肛周脓肿要做手术治疗。因为肛周脓肿是患者肛门周围的炎症性病变，局部已经出现化脓，所以需要做手术把脓肿切开，将脓液引流到体外，如果不做手术，局部脓肿范围会逐渐增大，炎症会进一步扩散，甚至有可能炎症侵犯的深度比较深，会导致括约肌间脓肿或直肠后脓肿等，进一步加重患者的病情。
即使患者肛周脓肿发生自行破溃、自行愈合，但很多患者会形成肛瘘，后期还是需要做手术治疗。手术主要目的是将脓肿切开引流脓液，根据脓肿的深浅手术方式可能会不同，如果脓肿比较表浅，单纯做切开引流就可以，后期对伤口进行换药，如果脓肿比较大或者脓肿比较深，建议患者要做挂线手术，单纯的做切开引流后期有可能会形成肛瘘，或者再次有脓肿复发。