本病治疗周期约2周，严重者可持续半年以上。针对病因治疗，可口服喹诺酮类抗生素抗感染，或使用缓泻剂，使粪便排泄正常，如麻仁润肠丸等，药物治疗效果不好也可行手术改善。
一、一般治疗
1、去除诱因，了解存在的诱因并及时消除，如饮食不当、卫生习惯不良。
2、本病还可以温盐水坐浴局部，使局部保持清洁，并可在肛窦底部涂5%~10%硝酸银溶液，每日1次，也可用橄榄油30~60mL灌肠。
二、药物治疗
1、抗生素治疗：主要以喹诺酮类抗生素（诺氟沙星）治疗引起该病的腹泻等肠道感染。
2、止泻治疗：适当给予止泻药物（如麻仁润肠丸、蒙脱石散），较严重者还可以应用痔疮栓和痔疮膏。
三、手术治疗
肛管炎的手术治疗切口应距离肛缘3~5cm，以免损伤括约肌。应置管或放置油纱布条引流。骨盆直肠间隙脓肿要在腰麻或全麻下进行，切开部位因脓肿来源不同而不同。