短肠综合征根据残存肠道的解剖结构的不同，制定不同的治疗方案，大部分患者可采用药物治疗，部分病情严重的患者需采用手术治疗。
一、急症治疗
患者应禁食并给予全肠外营养，并注意检测生化指标，及时纠正水、电解质及酸碱平衡。
二、药物治疗
1、洛哌丁胺：可以抑制肠道肌肉收缩，减少肠道的蠕动，使食物在肠道停留时间延长，有利于肠道对营养物质的吸收，肠梗阻或便秘的病人不应用本药品，孕妇及12个月内的儿童忌服。
2、复方苯乙哌啶：通过提高肠道的张力，抑制肠道的蠕动来减轻腹泻，适用于各类型腹泻以及肠道炎症，若出现失眠、焦虑等不良反应，为正常现象，肝病病人慎用。
3、质子泵抑制剂：如奥美拉唑、泮托拉唑等，用于抑制胃酸的分泌，减轻胃酸对肠道的损伤，用于小肠广泛切除后的术后康复治疗，孕期、哺乳期妇女慎用。
三、手术治疗
病情特别严重者可通过手术减缓病情，手术思路分为两种：
1、减缓肠道运行速度：可通过部分小肠倒置吻合来使食物在该段的吸收更充分，减缓食物运行速度，还可以利用结肠蠕动缓慢的特点，将结肠间断放置于空肠或回肠间，以此来减缓食物运行速度，适用于大部分人群。
2、增加肠道表面积：可通过将自身小肠一切为二再进行吻合，使小肠变细变长，但该手术可能导致吻合处多发性粘连等并发症。还可通过小肠移植，但是由于排斥反应和较高的死亡率使其并不能广泛用于临床。
四、营养治疗
1、肠外营养：小肠广泛切除术后早期残留的小肠暂时尚无法承担消化、吸收之任务，易增加腹泻，加重内环境紊乱。因此，手术后早期待患者循环、呼吸等生命体征稳定，水、电解质紊乱纠正后，即应开始肠外营养支持治疗，尽早开始肠外营养治疗可预防营养不良的发生。营养液的输入以经中心静脉途径为宜，临床上常采用颈内静脉或锁骨下静脉穿刺置管的方式进行。
2、肠内营养：实施的越早，越能促进肠功能代偿和适应。但是短肠患者早期消化吸收功能差，临床上实施有一定难度，使用不当可能会出现明显腹泻，临床实施时应严密观察。患者初期应选择短肽、单糖和脂肪酸为主要成分的产品，此类制剂在肠道内几乎不需消化就能被小肠吸收。
五、其他治疗
1、肠康复治疗：包括膳食纤维、生长激素、谷氨酰胺的应用，可促进短肠综合征患者残留肠道的适应，增加对水、电解质和营养物质的吸收，最终逐步减少甚至摆脱对肠外营养。
2、前沿治疗：在一定剂量范围内使用替度鲁肽，可用于改善短肠综合征患者肠吸收功能，但是该药可促进肠上皮的增生，可能有潜在的促进肿瘤增殖的作用。