中枢性减肥药像芬氟拉明可以对心脏瓣膜造成损伤，有些国家比如美国已经禁用。另外中枢性减肥药西布曲明，它可以明确出现心血管事件风险，超过了造成体重下降所带来的获益，已经建议停止处方和使用西布曲明。
另外周围的或者非中枢性的减肥药，像奥利司他，主要不良反应是由于脂肪吸收不良引起的稀便、大便急，或者影响脂溶性维生素的吸收不良。此外，也可以造成便秘、腹痛、腹泻、头晕，甚至出现女性月经的紊乱和过敏性皮疹。
减肥药千万不能自助选择使用，一定在医生指导下帮助判断是否需要使用减肥药。减肥药有适应症，一定要在医生指导下来帮助我们全面进行生活方式的干预。减肥药仅仅是减重的辅助方法，最关键的是全面的生活方式，包括合理均衡的营养、科学适度的锻炼、戒烟、限酒、心理的平衡，减肥药千万不能自助使用。