消化不良可以口服帮助消化的药物以及促进胃肠动力的药物，帮助消化的药物有各种消化酶如胰酶片等。促进动力的药物包括多潘立酮、莫沙必利、伊托必利等等。
此外，还需要明确消化不良的原因是什么，有没有幽门螺杆菌的感染，因为幽门螺杆菌感染通常会造成胃炎，甚至会导致溃疡病等等，这些会影响到胃的消化以及蠕动的功能，从而造成腹胀、嗳气等消化不良的症状。
幽门螺杆菌根除的方案目前通常采用4联疗法，包括质子泵抑制剂、铋剂以及以阿莫西林为主的两种抗生素，疗程一般在14天，很多病人在根除了幽门螺杆菌以后消化不良的症状就可以得到缓解。