绿脓杆菌性角膜溃疡患者一旦怀疑为绿脓杆菌感染，应分秒必争进行治疗，应严格实行床边隔离，以免交叉感染，可选择有效抗生素及其他药物进行治疗，必要时也可进行手术治疗。
一、药物治疗
1、首选药物为多粘菌素B眼药水，或用多粘菌素作球结膜下注射，注射前最好先注射普鲁卡因，可减轻疼痛。
2、另外还可选用第三代头孢菌素，对绿脓杆菌有较强的作用。也可用0.5%妥布霉素滴眼液。其次可选用庆大霉素滴眼液，5%~10%链霉素眼药水也有一定的疗效。
3、此外应同时采用阿托品散瞳，0.25%醋酸液冲洗结膜囊，对严重病例还可以给胶原酶抑制剂局部滴用，如0.5%~1%EDTA钠溶液及10%~20%乙酰半胱氨酸溶液以减少角膜组织的溶解坏死。
二、手术治疗
1、角膜移植术：患者药物治疗效果不佳，病情进展迅速，应早期接受板层角膜移植，如病变累及角膜内皮层、角膜穿孔或瘢痕形成并严重影响视力，应改穿透角膜移植术。其目的是达到增视、治疗某些角膜病和改善外观。
2、眼球摘除或眼内容剜除术：患者角膜已经穿孔，并且大片虹膜脱出，或者继发眼内感染时需要做此手术。目的是解除无视力眼的疼痛、防止感染扩散危及生命。