小儿纯红细胞再生障碍性贫血的病因主要分为两大类，包括先天性和获得性。先天性病因包括先天性红细胞生成异常综合征等，获得性病因包括肿瘤和免疫性疾病等，也有少数小儿纯红细胞再生障碍性贫血者找不到明确的病因。
1、先天性病因：先天性病因包括Diamond-Blackfan综合征和先天性红细胞生成异常综合征，是一种比较少见的原因不明的贫血。病因虽没明确，但有的可有家族发病史，故考虑为先天性基因异常。可能与c-kit原癌基因突变或SI基因突变有关。
2、获得性病因：
（1）肿瘤：胸腺瘤或癌、恶性淋巴瘤和慢性淋巴细胞白血病等疾病影响血液系统的正常功能代谢，导致该病的发生。
（2）免疫性疾病：系统性红斑狼疮、类风湿关节炎和多发性内分泌腺功能不全等，这些免疫系统疾病会使人体的免疫系统发生紊乱，可能会使血液系统遭到损害，进而使患者出现这种疾病。
（3）感染：EB病毒、肝炎病毒、人T淋巴细胞白血病病毒、B19微小病毒和细菌等这些病毒会侵袭血液系统。
（4）药物：苯妥英钠、硫唑嘌呤、氯霉素、普鲁卡因胺和异烟肼等这些药物会影响血液系统的正常功能，导致该病的发生。