颅骨缺损如合并有颅内压增高时可配合甘露醇降压治疗，以及颅骨修补成形术改善。对于小儿发生先天性颅骨缺损患者，因本病病程较长，所以需要进行长期间歇性治疗。对于成年继发性颅骨缺损患者，手术治疗为最佳选择。
一、药物治疗
1、甘露醇：甘露醇是一种利尿剂，可以起到降低颅压的作用，对于颅骨缺损合并有颅内压增高的患者可给予甘露醇降压治疗，可以缓解患者因颅压高而引起的头疼、头晕等不良症状。
2、神经营养药物：如果患者合并神经功能受损，需应用营养神经的药物，改善脑代谢，保护脑组织，促进神经恢复，常见的神经营养类药物包括甲钴胺、维生素B族等。
二、手术治疗
治疗用颅骨成形术修补颅骨缺损是行之有效的办法。
1、适应症：颅骨缺损的直径超过3厘米者均可行颅骨成形术。如为飙肌下减压术后者，由于有较厚的肌肉层保护颅骨缺掼处，主诉症状不多，一般不必修补。必须指出，颅骨成形术并不能治疗外伤性癫痫和肢体运动障碍等器质性后遗症，早期行颅骨成形术既不能防止癫痫的发作，又不能改变癫痫的发展进程。
2、禁忌症：头皮、颅骨或颅内有炎症者，脑内有残存的碎骨片，特别是伤后颅内曾有化脓感染者；有颅内压力增高的患者或昏迷病人，一般状态较差的患者。