贲门癌最好的治疗方法是采取手术切除治疗，以及周围淋巴结清扫术，术后做病理检查，根据其浸润转移等情况选择是否需要放化疗、靶向药物治疗或免疫生物治疗等方式综合性的治疗，进而延长患者的存活期。
贲门癌若为早期，患者手术切除后五年存活率较高可达90%，若中晚期则患者手术切除后需要进行辅助性的化学药物治疗、放射治疗或中药治疗，从而控制肿瘤增殖、抑制转移，而若贲门癌晚期阶段，则不能够进行手术切除，只可进行放化疗或者对症支持治疗。