纤维支气管镜在临床上应用广泛，可以通过声门进入气管、支气管及远端，观察到气管和支气管的病变，多用于肺癌、肺部感染性病变、间质性肺疾病、肺泡蛋白沉积症、纵隔疾病，以及不明原因咯血等的诊断。
同时，纤维支气管镜亦可用于去除阻塞气道的分泌物、血凝块，以及气道异物。此外，纤维支气管镜也可用于气道良性肿瘤根治，解决恶性肿瘤导致的气道狭窄。