亚甲炎又称亚急性甲状腺炎，因为是病毒感染，所以是自限性疾病，治疗一般仅仅是以缓解疼痛为目的，可以采用非甾体类药物对症治疗、控制症状。如果症状改善不明显，病情较重者可以考虑使用少量的糖皮质激素以缓解症状，如醋酸泼尼松。
如果患者有明显的甲状腺激素水平升高的临床表现，出现高代谢症群，影响到患者的生活、学习和工作，可以给予少量的抗甲药物对症治疗，但是一般不主张使用抗甲药物治疗。
总体上，亚急性甲状腺炎预后比较好，但是有少数患者因为合并有自身抗体的明显升高，也可能会发生永久性甲减。