眼睛的飞蚊症可以使用氨碘肽滴眼液或者七叶洋地黄双苷滴眼液治疗，这两种眼药水对轻症飞蚊症都有一定的作用，可以使飞蚊减少，在使用眼药水时可以适当口服药物，如卵磷脂络合碘片，也能治疗飞蚊症，肌注的有普罗碘铵注射液，也可以治疗飞蚊症。
总体来说，如果是生理性飞蚊症，影子不多，也可以不使用药物，临时观察。如果飞蚊症突然变多、变大，用眼药水的效果也不明显，可以使用玻璃体消融术，也就是使用激光把比较大的飞蚊给击碎，眼前的黑影就会变少。如果飞蚊伴有眼前闪光感或者黑影变大，变成黑布状，还要去眼科进行相关检查，排除眼底、视网膜的相关疾病。