肝素在临床上主要应用于防治血栓栓塞性疾病、弥散性血管内凝血和体外抗凝等。
1、血栓栓塞性疾病：主要用于防治血栓的形成和扩大，如深静脉血栓、肺栓塞和周围动脉血栓栓塞等，也可用于防治心肌梗死、脑梗死、心血管手术及外周静脉术后血栓形成。
2、弥散性血管内凝血：用于各种原因引起的弥散性血管内凝血，如脓毒血症、胎盘早期剥离、恶性肿瘤溶解等所致的弥散性血管内凝血。这是肝素的主要适应证。注意应早期应用，可防止因纤维蛋白和凝血因子的消耗而引起的继发性出血。
3、体外抗凝：如心导管检查、体外循环及血液透析等。