单纯性肾囊肿如果没有并发症，一般不需要治疗，而对于多囊肾的治疗则较困难，目前尚缺乏特异性的干预措施和治疗药物。治疗主要在于治疗并发症，缓解症状和保护肾功能。患者要戒烟、忌浓茶、咖啡、酒精及巧克力等，合并高血压时要限盐。当囊肿较大时应避免剧烈的体力活动和腹部受创，以免囊肿破裂出血。如果出现并发症则需对症治疗，如患者出现囊肿出血、感染或结石引起的疼痛。急性疼痛可用麻醉性镇痛剂，慢性疼痛一般采用保守治疗，如改变生活习惯，避免剧烈活动。对于囊肿出血和血尿，大多为自限性，一般卧床休息、止痛，适当饮水以后，可以得到缓解。但如果出血严重，破入腹膜后引起大出血，则需住院治疗，给予输血，止血药物一般效果作用不大，甚至会引起血块形成梗阻而诱发感染。如果保守治疗无效的患者，经CT检查或血管造影后可以行选择性肾动脉栓塞术。