蓝痣由真皮内异常黑素细胞聚集而引致，较为少见，蓝痣被认为是正常黑色素细胞出现在异常部位，具有异常功能。蓝痣的蓝灰色外观主要为真皮黑色素经覆盖表皮产生的视觉作用，可见光的长波穿过深部真皮被色素细胞吸收，而短波(蓝色)不能被吸收，进而反射至视者眼中呈蓝色。
1、日晒：尤其是紫外线强的高原地区，细胞中黑素体数量、黑素化程度对此蓝色调的形成也有一定影响。
2、不良刺激：冷冻、化学腐蚀或激光对色素痣细胞的反复刺激会导致细胞不典型增生或发生恶变。