临床上需要将新鲜排出的大便，取指甲盖大小，放进干净的小盒或保鲜袋内，1-2小时内有效，需立即送至医院检查。如果一次大便常规检查不一定能确诊，必要时应做多次检查协助诊断。
装大便的容器应洁净干燥，如大便有黏液或血液，应选取黏液及血液部分送检查。粪便常规检查包括粪便理学检查和粪便有形成分检查，可初步了解消化系统有无炎症、出血、寄生虫感染，以及间接判断胃肠、胰腺、肝胆功能状况。