同型半胱氨酸的治疗包括药物及饮食治疗，可通过药物补充叶酸，饮食中少进食甲硫氨酸含量的动物蛋白，多吃富含维生素B6、维生素B12的杂粮、水果和富含叶酸的绿叶蔬菜等降低同型半胱氨酸的水平。
一、药物治疗
1、叶酸：为亚甲基四氢叶酸还原酶的辅助因子，参与同型半光俺的代谢，可单独用药，常与维生素B6和维生素B12联合用药。适用于叶酸缺乏者，对叶酸过敏者禁服。
2、维生素B6：是甲硫氨酸代谢转硫化途径中胱硫醚β-合成酶的辅助因子，尤其适用于对维生素B6敏感的同型半胱氨酸血症患者，对维生素B6不敏感的患者，可同时应用叶酸和维生素B12，三药联合应用可较快的降低血中同型半胱氨酸浓度和提供较好的临床疗效。对本药过敏者禁用。
3、维生素B12或甲钴胺：可促进同型半胱氨酸的代谢，降低其血浆水平，对本品过敏或遗传性视神经萎缩者禁用。
二、手术治疗
该病无需手术治疗。
三、营养治疗
同型半胱氨酸血症患者饮食应均衡，尤其是补充叶酸和维生素，同时应减少动物蛋白的摄入量，特别是来源于红肉(猪、牛、羊肉)的蛋白。