肠瘘的治疗比较复杂，根据病情不同，主要有手术治疗、局部引流、抗炎治疗、营养支持等多种手段。如果患者是结直肠的低位肠瘘，在条件允许的情况下，可以选择漏口修补、部分肠切除、近端肠道造瘘等的手术方式。
不能手术的患者，可以放置营养管，进行肠内或肠外的营养支持，同时保证漏口周围的引流通畅。因肠瘘会引起腹膜炎，同时需行抗炎治疗。肠瘘的形成原因、部位，以及每个患者的具体情况都不尽相同，因此医生需要根据病情制定治疗方案。