灰指甲是甲真菌病，就是真菌感染指甲，治疗就得用抗真菌药，抗真菌药有外用的和口服的。外用药用于灰指甲只是甲根没有累及的，比较轻的，远侧缘或仅仅是侧缘有的，外用药效果还可以，但是疗效一般来说可能50%左右。
口服药不仅能够治轻度的，还能够治累及到甲根的重症，所以口服药常常疗效能达到80%以上治愈，所以治疗灰指甲最有效的方法是口服抗真菌药。这种口服抗真菌药最常用的就是特比萘芬、伊曲康唑、氟康唑，这三种口服治疗灰指甲效果都会很好的。