应及早发现、及早治疗，针对病原进行药物治疗，确定病因选用特效药物。对并发症和其他症状应该对症治疗，晚期患者必要时采取外科手术治疗。密切观察病情变化，积极防止并发症出现。
一、一般治疗
1、去除病原体：在通过病史及实验室检查确诊后，及时采用药物治疗。在血吸虫病高发地带，应积极防治，进行预防性用药，预防血吸虫病。
2、并发症的治疗：癫痫患者可予以抗癫痫药物，若有蛛网膜下腔阻塞时常需用糖皮质激素和椎板切除减压术治疗。
二、药物治疗
1、吡喹酮：吡喹酮是异喹啉吡嗪类衍生物，是1977年被发现的一种抗蠕虫药。对寄生于人体的血吸虫有高效杀灭作用，对线虫和原虫感染无效。吡喹酮对日本、埃及血吸虫单一或混合感染均有良好疗效，对血吸虫成虫有良好杀灭作用。吡喹酮宜饭后或餐中服用，不良反应一般轻微且持续时间短，主要为头痛、头晕、乏力、多汗等。
2、硝硫氰胺：硝硫氰胺为近年合成的一种抗血吸虫病新药，对血吸虫成虫有杀灭作用。主要为胃肠道、神经系统反应，如腹胀、腹痛、头晕、失眠、神经衰弱综合征、共济失调等。偶尔出现黄疸。禁用于精神病人及孕妇、哺乳期妇女。
3、青蒿琥酯：青蒿琥酯是青蒿素的琥珀酸单酯衍生物，作用快，能迅速控制疟疾发作。通过转化成双氢青蒿素发挥抗疟作用。疗效优于青蒿素。青蒿琥酯不仅可以杀灭疟原虫，也可以杀灭日本血吸虫。对不同发育期的血吸虫均有较好的杀灭作用，并可用于血吸虫传播季节及短期接触疫水的预防。
三、手术治疗
当患者晚期出现巨大肉芽肿，出现颅内高压危象时，应该行外科切除手术治疗。术前根据影像学资料进行定位，根据肉芽肿部位决定体位和手术切口力争病灶完整切除。较大的病灶，应先行抽吸再分块切除。