胎儿畸形孕期终止妊娠、宫内治疗或出生后手术治疗，有的需要终身治疗。在孕期孕妇可以口服叶酸，防止神经管缺损，也可以手术治疗。
一、药物治疗
对预防与叶酸相关性的神经管缺陷有疗效。
二、手术治疗
1、宫内治疗：胎儿镜手术主要应用于治疗双胎输血综合征或减胎术。国外有报道用于治疗胎儿膈疝、脑脊膜膨出、泌尿道梗阻等。
2、产后手术治疗：如脑积水的脑室分流手术、唇腭裂的修补术、先天性心脏病的手术治疗、苯丙酮尿症的药物治疗等。
三、其他治疗
根据胎儿畸形的类型及严重程度、孕周、有无合并其他结构异常等制定治疗方案，如程度严重可考虑终止妊娠。