宝宝营养不良的治疗要根据引起宝宝营养不良的原因来分别处理：第一最常见的原因是饮食不当，如挑食、辅食添加不当等，要纠正不良饮食习惯，同时吃助消化的药，如复方胃酶散；第二是胃肠道问题，多见胃肠道功能紊乱、菌群失调，从而导致营养素不能吸收，可吃肠道益生菌调理、中药健脾散等；第三食物过敏，最常见奶粉蛋白过敏，要吃蛋白水解奶粉或氨基酸奶粉；第四疾病因素，有些宝宝免疫力差或免疫功能紊乱而经常感冒、咳喘，要吃调节免疫药，如脾氨肽，同时积极预防感冒等。