口底癌是由于口底的黏膜上皮细胞发生恶性增殖所致，研究认为口底癌的致病因素是复杂的、综合的，主要危险因素是吸烟和酗酒，烟、酒之间有很强的协同作用。
一、主要病因
黏膜上皮细胞突变、恶性增殖，在各种危险因素的诱导下，口底黏膜上皮细胞的原癌基因和抑癌基因发生突变，上皮细胞发生恶性的无限增殖。
二、诱发因素
1、不良生活方式：
（1）吸烟：吸烟是全世界流行的与肺癌及相关疾病高度相关的危险因素，烟草的烟雾中含有四千多种化合物，一支香烟燃烧产生大约500mg的气体和微粒，其中的1~35mg是焦油(芳烃)，而焦油中最强的致癌物质是亚硝基去甲烟碱和4-N-亚硝基甲基氨-1-(3-吡啶基)丁酮，吸烟时有害物质侵入上皮，破坏上皮细胞功能，引起机体分子结构的变化而致病。
（2）嚼槟榔：中国部分地区有嚼槟榔的习惯，从而导致口腔癌发病率增高。在有嚼槟榔习惯的人群中，口腔黏膜下纤维性变的患病率为30.3%。槟榔嚼物一般由槟榔果、老花藤和锻石灰组成，有些地区在其中加烤烟及香料等，主要致癌因子来自于其添加剂，如槟榔子、石灰、丁香和烟叶，它们会导致口腔黏膜下纤维性变和白斑的发生，并可转化为口腔癌。口腔癌发生与嚼槟榔时间、槟榔在口腔的滞留时间呈正相关。
（3）饮酒：研究发现饮酒的量与口腔癌发生相关，但适度饮酒并不会增加患口腔癌的危险。
2、环境因素：
（1）核辐射：对人与动物均有诱发癌的作用，是由于涉嫌对人体易敏感的作用，常见白血病和淋巴瘤放射治疗后的患者。
（2）空气污染：也为致病因素，如高度工业化所造成的煤烟污染、纺织工业中纤维刺激等，如英国两个主要的纺织工业区，发现女性口腔癌病例多且无其他诱发因素。
3、生物因素：
（1）口腔感染与局部刺激：口腔卫生不良、尖锐牙尖及不良修复体的长期刺激，是一种慢性、反复刺激和感染的诱发过程。
（2）病毒：病毒与癌症有密切的关系，能感染口腔组织又具有潜在致癌作用的病毒有两种，疱疹病毒和人乳头瘤病毒。
4、其他因素：
（1）长期过热饮食：过热饮食可刺激并损伤口腔黏膜。
（2）口腔尖锐异物：可反复损伤口腔黏膜。