做肠镜通常会有腹部的不适感甚至疼痛感，但目前已发明无痛胃镜，在做结肠镜时给予静脉点滴短效的麻醉药，人们可在无意识的状态下完成整个的结肠镜检查，没有任何疼痛。
做肠镜是从肛门进镜，通过直肠、降结肠、横结肠以及升结肠，最终到达回盲部甚至回肠末端，可以看到整个镜子并不是一条直线，而是沿着肠腔的方向循腔进镜。在每个弯曲部，比如直乙交界处、结肠的肝区、脾区，进镜的过程中有些患者就会有明显的腹部不适感，有可能会出现明显的腹痛。
肠镜检查后的病人应该先禁食2-4小时，饮食上主要以易消化、低脂肪、低纤维的食物为主，恢复期应卧床休息，避免剧烈活动。