脑弓形虫病往往需要进行长期的持续性治疗，可采用乙胺嘧啶、阿奇霉素、卡马西平等药物治疗进行治疗，本病一般无手术治疗的方法可以选择。
一、药物治疗
1、乙胺嘧啶：本药对滋养体有较强的作用，长期较大量口服可致叶酸缺乏而影响消化道黏膜及骨髓等细胞的增殖功能，引起恶心、呕吐、腹痛及腹泻，较严重者出现巨幼细胞性贫血或白细胞减少。长期用药应定期检查血象。孕妇和哺乳妇女禁用。
2、阿奇霉素：包囊阿齐霉素可能有一定作用，由于肝脏是阿奇霉素清除的主要途径，故阿奇霉素用于明显肝病患者时应慎重。
3、卡马西平：既可以改善患者的癫痫发作的症状，又可以起到外周止痛的作用，但是需要注意用药期间及时检测电解质，避免发生顽固性的低钠血症。
二、手术治疗
脑弓形虫病一般无需手术进行治疗。