流行性腮腺炎的并发症较多，常见的是脑膜炎、卵巢炎、睾丸炎、胰腺炎，还会引起心肌炎、乳腺炎、甲状腺炎等。流行性腮腺炎主要的病变在腮腺，实际上是一种全身性感染，可以累及中枢神经系统或其他腺体。所以，并发症也主要出现在各种腺体，大约75%的腮腺炎患者可有不同程度的并发症。
男性比较常见的是睾丸炎，多发生于腮腺肿大开始消退以后又再次出现发热，伴有睾丸明显地肿胀和疼痛，可同时伴有附睾炎，睾丸鞘膜积液以及阴囊水肿，持续3-5天，但是一般不会引起不育症。卵巢炎发生于女性，可出现下腹疼痛，右侧卵巢炎酷似阑尾炎的表现。