囊性肿瘤是一种良性肿瘤，不同部位囊肿发生的病因不同。有部分囊肿是由于先天发育异常，胚胎细胞在异位生成囊肿。有部分囊肿是由于外伤，表皮细胞碎片在异位生成囊肿。还有部分囊肿形成原因复杂且不明确。
一、主要病因
1、皮脂腺囊肿：主要由于皮脂腺排泄管阻塞，皮脂腺囊状上皮被逐渐增多的内容物膨胀而形成的潴留性囊肿。囊肿为白色凝乳状皮脂腺分泌物，并非真性肿瘤。
2、皮样囊肿：属于先天性疾病，是由于偏离原位的皮肤细胞原基所形成的先天性囊肿。
3、表皮样囊肿：部分表皮样囊肿是皮肤表皮细胞碎片在异位所生成的囊肿，常由于皮肤外伤所致，对见于从事手工操作的工人，故以指端和手掌较为常见。还有部分囊肿是由于胚胎发育时期外胚层细胞移行异常所致，发生在头部。
4、腱鞘囊肿：发病原因尚不明确，好发于腕背及足背，可能与关节或腱鞘的慢性外伤、过分劳损、机械性刺激、骨关节炎、一些系统免疫病有关，甚至是感染也可能引起。
二、诱发因素
1、外伤：表皮样囊肿可有外伤引起，长期重复的关节劳损则会引发腱鞘囊肿。
2、遗传因素：皮样囊肿是一种染色体显性遗传病，由遗传因素导致。