先天性巨痣的病因尚不明确，有报道认为是体细胞基因功能获得性突变，但因其遗传形式尚不清楚，不能产前进行检测，所以无特殊预防方法。
在日常生活中可以合理膳食，以清淡、易消化食物为主，少吃辛辣、刺激性食物，保持合理的生活作息，早睡早起，避免熬夜，适当进行体育锻炼，有利于增强身体素质，在一定程度上提高抵抗疾病的能力。