肝囊肿的典型症状就是上腹不适、隐痛、餐后饱胀、上腹肿块，但这一症状多见于肝囊肿较大时。多数患者症状相对较轻，半数以上无任何症状，不少患者因慢性并发症、伴发病或仅于健康检查时发现。
肝囊肿增大到一定程度，则可因压迫邻近脏器而出现食后饱胀、恶心、呕吐、右上腹隐痛不适等症状。体格检查可能触及右上腹肿块和肝大，肿块与肝相连、表面光滑、带囊性感，无明显压痛而可随呼吸上下移动。