睾丸疼痛最常见的原因是附睾睾丸炎，在治疗前需要先明确诊断，一般建议先行B超检查。如明确为附睾睾丸炎，治疗上先给予一般处理，比如托起阴囊减轻疼痛、避免性生活、卧床休息、冰袋冷敷等处理。
治疗的核心是抗生素的治疗，一般选用敏感抗生素，需要做相关的细菌学检查。在此之前可以经验性的应用头孢类抗生素静脉点滴，加大环内酯类或喹诺酮类的抗生素口服。一般静脉用药是1-2周，再口服抗生素是2-4周。
对于衣原体感染，可选择大环类酯类或喹诺酮类的口服，其他药物可以选用止痛药物或非甾体的抗炎药物，必要时可以用中成药改善微循环，减少纤维组织生成。对于严重的附睾睾丸炎，比如出现脓肿，需要切开脓肿引流，对少数出现睾丸坏死的，需行睾丸切除术。