生殖器疱疹的治疗主要以抗病毒治疗为主，常用的抗病毒类药物有阿昔洛韦、伐昔洛韦等。初发生殖器疱疹的疗程是7-10天，复发性生殖器疱疹的疗程是5天左右，频繁复发者建议需要以较低的剂量长疗程的服用。
通过抗病毒治疗能够缓解症状，减轻疼痛，缩短病症，预防继发性感染。目前没有特别好的治疗方法，不能够达到彻底清除病毒，消除复发感染的效果。
生殖器疱疹是由单纯疱疹病毒引起的泌尿生殖器以及肛周皮肤黏膜溃烂，从而引起的一种慢性、复发性、难治愈的疾病，属于性传播疾病，所以在治疗过程中不能进行性生活及盆浴，以免传染给性伴侣。