小儿轮状病毒性肠炎病程为自限性，无针对性的特效药物。脱水是导致重症及死亡的主要原因，因此主要治疗是纠正脱水及维持电解质平衡。
一、药物治疗
1、补液治疗，轻中度脱水优先选择口服补液，重度脱水，严重呕吐，伴电解质紊乱者给予静脉补液。目前推荐采用低渗补液盐(245mOsm/L)配方预防和纠正脱水，有助于缩短腹泻持续时间，减少粪便排出量及呕吐次数，减少静脉补液。
2、补锌：腹泻患儿腹泻开始后可给予补锌，6月龄以上每天补充元素锌10~20mg，共10~14天，已证实补锌可缩短腹泻病程，促进康复，尤其是营养不良及可能锌缺乏的患儿。
3、消旋卡多曲(脑啡肽酶抑制剂)，作用于肠神经系统，可抑制肠道过度分泌，临床研究显示其具有减少排便量及缩短腹泻病程的疗效。
4、存在电解质及酸碱失衡时，可补充钾离子、镁离子、钙离子等，并用碳酸氢钠纠正酸碱平衡。
5、其他药物治疗，如口服蒙脱石散及益生菌如鼠李糖乳酸杆菌和鲍氏酵母菌，有助于减少腹泻量及缩短病程。患儿高热可选择布洛芬口服液退热治疗。
6、免疫球蛋白，对免疫缺陷患者或低出生体重患儿可采用免疫球蛋白口服治疗，可缩短病程及排毒时间。
二、手术治疗
本病无手术治疗。
三、营养治疗
腹泻时进食和吸收减少，而肠黏膜损伤的恢复、发热时代谢旺盛、肠炎丢失蛋白等因素使得患儿营养需要量增加，如限制饮食过严或禁食过久常造成营养不良，并发酸中毒，以致病情迁延不愈影响生长发育。故应强调继续饮食，满足生理需要，补充疾病消耗，以缩短腹泻后的康复时间，应根据疾病的特殊病理生理状况、个体消化吸收功能和平时的饮食习惯进行合理调整。
1、尽快恢复母乳及原来已经熟悉的饮食，由少到多，由稀到稠，喂食与患儿年龄相适应的易消化饮食。
2、病毒性肠炎可能有继发性双糖酶(主要是乳糖酶)缺乏，对疑似病例可以改喂淀粉类食品，或去乳糖配方粉以减轻腹泻，缩短病程。
3、腹泻停止后逐渐恢复营养丰富的饮食，并每日加餐1次，共2周。