新生儿肠炎的治疗主要是加强护理、控制感染、纠正水电解质紊乱，保护胃肠黏膜，调节患儿胃肠功能。
一、一般治疗
1、新生儿肠炎常因新生儿免疫力低下，易被感染而发生，故应注意妊娠期对于孕母的营养补充，出生后加强对新生儿的监护，注意喂养及日常护理时的卫生，以免增加疾病发生的风险。
2、新生儿肠炎引起的腹泻，可能合并有水电解质酸碱平衡紊乱等，应注意补液、补充电解质以改善症状。
二、药物治疗
1、抗生素：针对于细菌引起的新生儿肠炎，主要选用头孢哌酮、头孢曲松等第三代头孢类药物静点或口服，但需避免长期用药，避免发生抗生素相关性腹泻。
2、益生菌：益生菌制剂不仅能够有效地预防和减少肠道菌群失衡的发生，补充肠道正常益生菌群，还能降低肠道的pH，抑制致病菌的作用，同时益生菌还可增加患儿自身抵抗力。常用药物如乳酸杆菌等。
3、肠黏膜保护剂：常用药物为蒙脱石散等。维持肠道细胞的吸收和分泌功能，与肠道黏液蛋白相互作用，增强其屏障作用，阻止病原微生物进入。
三、手术治疗
该疾病一般无需手术治疗。