睑板腺功能障碍的发病机制现未完全明了，可能与睑板腺功能异常、眼部疾病、环境因素等多种因素有关。
一、主要病因
1、睑板腺功能异常：睑板腺功能异常包括睑板腺分泌不足，或者先天性睑板腺数目减少或开口移位。睑板腺的质或者量发生改变，减少或增多都会造成影响，引起眼部刺激、泪膜异常以及眼表炎症和损伤。
2、眼部疾病：当患者发生过敏性结膜炎或睑板腺囊肿、结膜结石或眼睑或角膜发炎或受损时，会引起眼部角膜、结膜的损伤，在修复过程中可能会在眼睑部形成瘢痕，从而影响睑板腺的分泌排泄，加重睑板腺堵塞，引起睑板腺功能障碍。
3、环境因素：细菌感染睑板腺堵塞后，腺体内的脂质、分泌物等会堆积在腺体中，细菌附着在眼睑部，细菌的蜡酯下降，胆固醇酯升高，增加黏度阻塞导管，为细菌的繁殖提供所需底物，造成对眼部的损害加重。
4、自身免疫：机体因为自身免疫过强，发生自身免疫性疾病，例如玫瑰痤疮、红斑狼疮、类风湿性关节炎和干燥综合征等，也会引起睑板腺功能障碍，使眼部感到不适，随时间积累，眼部易发生眼睑缘炎、干眼症等眼部疾病。
5、药物副作用：这些药物主要包括绝经后使用雌激素替代疗法的药物、降低雄激素的药物、维甲酸类和治疗痤疮的一些膏药、抗抑郁药。
二、诱发因素
1、肥胖：肥胖者长期食用高脂饮食，改变睑板腺脂质构成异常，胆固醇脂异常，引发睑板腺功能障碍。
2、长期过度用眼：长期使用电脑、手机或者没有得到充足的休息睡眠，也会引起睑板腺脂质分泌过多，加重眼部损害。