附件囊肿的病因复杂，不同类型其病因不尽相同。卵巢囊肿的发生可能与环境、饮食、内分泌、感染、遗传等因素有关，而输卵管囊肿多是由于输卵管炎引起。
一、主要病因
1、卵巢囊肿：
（1）内分泌因素：性腺激素的分泌增多会影响卵泡生成、发育及释放，孕晚期胎儿卵巢囊肿容易发生，有显著激素依赖性，可能和人绒毛膜促性腺激素的刺激过度有关。
（2）感染因素：感染对卵巢囊肿的发生有较大影响，特别是反复发作的盆腔感染，容易诱发输卵管管壁的增厚，进而对卵巢正常机能造成影响，最终出现囊肿。
（3）其他因素：首先是手术因素导致卵巢的血液供应受到影响，加上生殖系统受损后内分泌功能失调，进而形成囊肿；盆腔炎等妇科手术之后可能引发卵巢与周边的组织发生粘连，卵细胞的排出受阻继而导致发病；由于其他因素导致的成熟卵泡不外排而是继续在卵巢中生长或者闭锁的卵泡退化不完全，粒层细胞的分泌功能旺盛等均可导致囊肿的形成。
2、输卵管炎症：输卵管被病原体感染后，白细胞浸润造成内膜间质水肿、肿胀及渗出，黏膜上皮脱落，若急性炎症得不到有效、及时治疗，导致输卵管积脓，最终形成输卵管囊肿。
二、诱发因素
1、环境与饮食因素：环境污染、环境恶变、吸烟、电离辐射等都可能对女性生殖系统产生毒性作用，影响生殖系统的机能。饮食结构的失衡与过量摄入胆固醇，都可能对女性身体机能造成不利影响，诱发卵巢异常组织的增生。
2、妊娠因素：孕期激素水平变化可诱发卵巢囊肿。
3、药物因素：长期服用促排卵药物，致使激素分泌异常，可诱发卵巢囊肿。
4、遗传因素：囊肿具有遗传倾向，有家族史者容易发生卵巢囊肿。