偏头痛的病因到目前为止尚未完全明确，可能跟以下的因素有关系：
一、遗传因素，不少偏头痛的患者有阳性家族史，尤其是亲属出现偏头痛的概率，要明显高于一般人群，但是也没有发现明显的典型孟德尔遗传模式，提示可能是多基因遗传的复合疾病，并与环境因素相关系。
二、最常见的是内分泌功能异常，偏头痛主要发生在中青年的妇女，青年妇女的偏头痛发作，多数出现在月经期或者月经前后，在更年期前后有自发性缓解趋势，这些现象提示偏头痛的发生可能与内分泌改变有关。
三、饮食与精神因素，某些食物可以诱导偏头痛的发生，包括酪氨酸、苯丙胺的食物，比如奶酪、肉，比如腊肉、火腿，巧克力、红酒以及某些食物添加剂、香料等，利舍平等药物也可以诱导偏头痛发作，紧张、焦虑、应激等情绪障碍也可以诱发头痛。