如果现在巧克力囊肿还比较小，平时没有比较明显的不适症状，这种情况不会影响到怀孕。如果现在怀孕，对巧克力囊肿还有一定的治疗作用。不过巧克力囊肿是由于子宫内膜异位到卵巢造成的，如果比较严重的巧克力囊肿，使卵巢无法正常排卵有可能会影响到怀孕。如果备孕半年没有怀孕，这种情况需要调理子宫内膜异位，比较大的巧克力囊肿需要先进行手术，手术以后尽早怀孕。