衣原体阳性有两种可能，体内有衣原体感染，但具体哪一种衣原体不清楚，衣原体常包括肺炎衣原体、沙眼衣原体和鹦鹉热衣原体，肺炎衣原体一般表现为发热、干咳为主。如果是沙眼衣原体，可以引起沙眼，同时也可以经过性传播引起泌尿生殖道的感染。如果是泌尿系感染，一般表现为尿频、尿急、尿疼、尿道分泌物增多。女性的泌尿系感染大约75%的患者没有临床症状，也可以引起子宫内膜炎以及盆腔的炎症。
子宫内膜炎症一般表现为阴道的分泌物增多、白带增多，对于这种衣原体可以自行缓解，但是可以转为慢性，反复发作。另外，鹦鹉热衣原体表现为两种类型，一种是引起的肺炎的表现，表现为中高热或者伴有干咳，但是也有些患者可以不出现干咳，另一种是少部分可以表现为全身败血症型的衣原体感染，表现为全身各脏器的损伤，主要重点引起心脏的炎症，如心肌炎以及心内膜炎，可以引起发热，病情进展相对缓慢。也可以引起脑膜炎，具有脑膜刺激的症状，所以衣原体阳性还要结合临床症状，判断可能是哪一种衣原体阳性，如果有条件，还需要具体做相关的衣原体的检测。
假阳性，如果患者没有任何临床症状，还要重新复核衣原体的检测。当然有些泌尿系的感染可以没有临床症状，所以没有临床症状也不等于没有衣原体的感染。