真菌过敏性哮喘的治疗，首先要脱离真菌致敏环境。然后采取药物治疗和脱敏治疗。常用的药物有丙酸倍氯米松吸入气雾剂、甲泼尼龙片。早期、规范治疗，对于本病取得满意的治疗效果有重要意义。
一、一般治疗
1、避免接触真菌：最简单的特异性免疫治疗是避免接触真菌变应原。但完全避免真菌的接触是不可能的，所以常用的治疗方法就是特异性免疫治疗，即脱敏治疗。
2、脱敏治疗：在脱敏治疗的过程中，如果哮喘发作，可照常应用对症治疗药物。轻度发作者，脱敏治疗可继续进行，重度发作时应暂停脱敏治疗。脱敏治疗一般是安全的，少数患者可出现局部或全身反应。常用的为舌下脱敏治疗，舌下脱敏治疗是利用过敏原的提取物滴入舌下，使呼吸道黏膜产生耐受性，从而减轻或控制过敏症状，到达脱敏治疗的目的。
3、非特异性免疫治疗：当不能确定变应原时，可进行非特异性免疫治疗，改变患者的反应性，使之能耐受变应原的刺激。常用的药物有重组球蛋白和冻干卡介苗等。
二、药物治疗
1、糖皮质激素：这类药物是控制哮喘发作最有效药物，可预防和抑制气道炎症反应，降低气道反应性。吸入治疗是目前推荐长期抗炎治疗哮喘的最常用方法，如常规吸入治疗真菌过敏性哮喘控制不佳，需考虑全身糖皮质激素治疗。
2、β肾上腺素能受体兴奋剂：这类药物对支气管扩张有作用，常用的药物有沙丁胺醇、特布他林、沙美特罗、福莫特罗等。
3、茶碱类药物：这类药物具有平喘、抗炎作用，和糖皮质激素合用具有协同作用，是目前治疗哮喘的有效药物，但需要注意不良反应。
4、抗胆碱能类药物：这类药物常见的有异丙托溴铵、噻托溴铵等，能够舒张支气管，减少痰液分泌。与β2受体激动剂联合吸入有协同作用，适用于夜间哮喘及多痰的患者。
5、抗真菌治疗：这是真菌过敏性哮喘最重要的补充治疗方法，常规哮喘药物甚至糖皮质激素治疗哮喘仍控制不佳，可考虑抗真菌治疗，但需注意抗真菌药物的不良反应及权衡治疗费用。
6、奥马珠单抗：这类药物可有效治疗真菌过敏性哮喘，但治疗费用比较昂贵。
7、色甘酸(色甘酸钠)：有稳定肥大细胞，阻止其脱颗粒和释放介质的作用，可以降低气道高反应性和双相抑制速发相哮喘反应和迟发相哮喘反应。宜在好发季节前2周开始用药，一般对真菌过敏性哮喘效果较好。对激素依赖性哮喘患者，应用本品可望减少激素用量。
8、酮替芬：能抑制肥大细胞、中性粒细胞等释放组胺和慢反应物质，对抗组胺、缓激肽、5-HT、PAF和白三烯等物质的致炎作用，降低气道高反应性，增强β受体激动剂扩张气道的作用，预防和逆转β受体激动剂的快速耐受性，对速发相哮喘反应和迟发相哮喘反应均有抑制作用。一般在发作前2周开始应用，主要副作用为嗜睡、倦怠。
三、手术治疗
该病一般无需手术治疗。