急性咽峡炎的常见病因是病原微生物感染，主要包括柯萨奇A组病毒、肠道病毒71型、疱疹病毒、人类疱疹病毒4型、梭形杆菌和樊尚螺旋体。长期接触刺激性、免疫力低下的人群营养不良、有口腔、龋齿、牙周方面问题，或有血液方面疾病的人属于好发人群。免疫力低下、龋齿、牙周炎、吸烟饮酒、刺激性气体、粉尘等为诱发因素。
一、主要病因
感染：急性疱疹性咽峡炎主要是由柯萨奇A组病毒，和其他肠道病毒、疱疹病毒或人类疱疹病毒4型引起，通过粪便和上呼吸道分泌物等传播；樊尚咽峡炎是由梭形杄菌和樊尚螺旋体感染引起的，梭形杄菌和樊尚螺旋体是条件致病菌。正常情况下不会致病，在机体免疫力下降时会引起疾病。
二、诱发因素
免疫力低下、龋齿、牙周炎、吸烟饮酒、刺激性气体、粉尘等为诱发因素。