肾囊肿较小时，一般对肾脏没有危害，较大的肾囊肿可能会压迫肾集合系统导致引流不畅，从而产生肾积水或结石，有的囊肿会引起肾素分泌增多从而导致血压增高，巨大肾囊肿可能会压迫临近器官和组织，从而导致相应症状和损害，囊肿还有可能继发感染，巨大肾囊肿在受到外伤时可能破裂，导致出血休克等，还有的囊肿是囊样肾癌，需要鉴别诊断。