角膜一共分为5层结构，即上皮细胞层、前弹力层、基质层、后弹力层以及角膜内皮细胞层，基质层占据角膜实质的90%区域，随着炎症的不断深入，当累及到基质层时，会导致基质层变薄，愈合后会留下云翳，甚至斑翳。
一般角膜基质层变薄是通过瘢痕组织进行修复的，一般修复周期为1-3个月。前提条件是局部炎症控制稳定，没有病原微生物进一步浸润。
如果炎症不能够得到控制，那么溃疡会逐渐向深层组织继续浸润，直至突破基质全层侵及后弹力层，会出现角膜穿孔的情况，因此对于角膜溃疡要积极治疗。