直肠肛管周围脓肿及早切开引流后，恢复较快，因此属于短期治疗。但是如果合并肛瘘，治愈时间则会延长。直肠肛管周围脓肿形成初期，可行保守治疗，包括使用抗生素针对需氧菌和厌氧菌的治疗，以及用中药清热解毒等。可是脓肿一旦形成后，必须尽快行手术切开引流治疗。脓肿相对较大且全身症状严重者，除了选择有效抗生素针对治疗外，还需要辅以支持对症治疗。
一、药物治疗
1、抗生素(磺胺类、青霉素、链霉素、庆大霉素、异烟肼等)：针对需氧菌和厌氧菌的治疗。
2、高锰酸钾溶液：进行坐浴，可起到杀菌和解毒的作用。
二、手术治疗
手术切开的原则是排出脓液，清除坏死组织，保持引流通畅，比较常用的有两种方法：
1、先将脓肿切开排脓，待脓腔缩小后再作根治手术，但是这种疗法时间相对较长。
2、另一种方法是将肛周脓肿一次性切开根治，这类方法可避免二次手术的痛苦，而且治疗过程相对较短，故目前多采用这个手术方法治疗肛周脓肿。但对无法明确内口的病例以及不适合一次性根治术的患者，不能采用。