本病治疗周期一般为7~10天，一般采用内科治疗，如药物治疗、对症支持治疗，也可采用手术治疗，以改善肠道正常菌群，减弱或消除细菌毒素的作用，改善腹部和全身症状。
一、一般治疗
1、去除诱因：了解存在的诱因并及时消除，立即停用抗生素。
2、恢复肠道正常菌群：轻型患者可用乳酸菌、双歧杆菌、酪酸菌等肠道微生态制剂。对病情危重不能口服的患者，可采用正常人粪便滤液(10g溶于生理盐水200ml，多层纱布过滤)，保留灌肠。
3、对症治疗：补充血容量、纠正失水及酸中毒，视病情适当补充血浆或白蛋白等，必要时用升压药物。腹痛腹泻一般不宜用抗胆碱能解痉剂或止痛剂，以免加重毒素吸收及诱发中毒性巨结肠。
二、药物治疗
1、对于中、重型患者，首选万古霉素，分4次口服，儿童分2~4次口服。
2、甲硝唑需口服，疗程7~10天。
3、复发性难辨梭菌感染，应给予万古霉素并逐渐减量。万古霉素口服，每6小时一次，服用一周，第二周每12小时一次，第三周每日一次，第四周隔日一次，第5~6周三天一次。
4、其他药物：非达霉素、利福昔明、替加环素等。
三、手术治疗
积极非手术治疗病情无明显改善者，怀疑并发暴发性中毒性巨结肠、肠梗阻以及肠穿孔等严重并发症时，在去除诱因、积极对症支持治疗同时，及时剖腹探查，并进行手术治疗。
四、其他治疗
粪菌移植：复发性难辨梭菌感染可使用粪菌移植治疗。