牙周脓肿主要是由于各种原因导致的牙周袋出现脓液，而脓液无法排出所致，环境因素、治疗因素及免疫因素共同参与其发病。
一、主要病因
1、环境因素：一些毒力比较强的细菌的入侵引发感染，出现化脓性炎症，向深部结缔组织扩展，脓液无法向袋外排出，出现牙周脓肿。
2、免疫因素：有严重的全身疾病如糖尿病，或抵抗力下降者，容易发生牙周脓肿。
3、治疗因素：包括洁治或刮治时，将牙石碎片或细菌推入牙周袋深部组织，或损伤牙龈组织；深牙周袋行根面刮治术不彻底，牙周袋袋壁炎症减轻，致使袋口紧缩，但牙周袋底处炎症仍然存在，脓液得不到引流；牙髓治疗时根管或髓室底侧穿、牙根纵裂等，细菌感染至牙周膜区域，也会引发牙周脓肿。
二、诱发因素
1、细菌感染：细菌在免疫力低下时可入侵机体引发感染，使脓肿更加严重。
2、不当的牙齿手术操作：当医生在行牙髓的根管治疗、深牙周刮治术、牙龈洁治术时，操作不当或动作较粗鲁，会造成牙龈或牙根的损伤，引起牙周脓肿。
3、不良生活习惯：一些不良的生活习惯会导致免疫力低下，从而更容易患上或复发牙周脓肿，如长期缺少睡眠、不爱运动、喜欢压抑情绪、不爱喝水等。