由于滤泡性结膜炎病因复杂，目前还没有特异而有效的预防方法。但建立良好的生活习惯对预防疾病发生，或避免疾病进一步加重有益处。比如改善环境卫生，加强营养，增强体质，可能减少发病。有结核者治疗结核，有寄生虫者驱虫。发病时怕光，可以佩戴墨镜以减少刺激。
（1）合理膳食，三餐规律，可以考虑高蛋白饮食，多食水果、蔬菜等补充维生素。
（2）经常运动，增强体质，目前认为低强度、持续时间长的运动有慢跑、游泳。
（3）有结核者治疗结核，有寄生虫者驱虫。活动性睑眼缘需要积极治疗。
（4）滤泡性结膜炎发病时怕光，可以佩戴墨镜以减少刺激。