一般在中医里面治疗肠炎的方法比较多，在临床上最常见的是中药灌注方法，也就是用些中药的配伍方剂进行药物灌肠，在肠道内保留一段时间之后再排出体外，这样的给药方式比较直接，效果比较好。一般针对治疗慢性肠炎，尤其是慢性结肠炎比较常用。
还有一种方式是艾灸治疗，一般用来治疗慢性急性肠炎。其主要原理是通过物理加热的方式刺激相应的穴位，然后起到调理、修复肠道的作用。以上两种方式都是中医治疗方法，在临床上做为辅助治疗方法进行应用。