根据看甲状腺不同的疾病来选择科室，具体如下：
一、如果已经确诊是甲状腺癌或者是明显的甲状腺肿有压迫症状，或者甲状腺结节造成声音嘶哑、吞咽困难，像甲状腺功能亢进，药物治疗或者是同位素治疗仍然不能起效，需要做手术，就诊应该选择普通外科里面的甲状腺专科。
二、如果要进行甲状腺结节的细针穿刺，应该选择超声科帮助进行检查。
三、绝大部分的甲状腺疾病，建议进行就诊内分泌专科，内分泌科医生会详细的询问，是否有甲状腺功能减退以及甲亢或者是甲状腺炎的症状，医生会详细的检查甲状腺的大小，以及听诊甲状腺有没有杂音，触诊甲状腺有没有疼痛，开具甲状腺激素以及甲状腺自身抗体的化验单，同时也会开具甲状腺超声，甲状腺扫描也就是同位素检查的申请单，帮助评估甲状腺功能以及甲状腺形态是否正常。
四、如果是怀孕期间发现甲状腺功能减退，需要在内分泌科医生和产科医生形成的多科团队，帮助控制好甲状腺功能减退，分娩健康的宝宝。