新生儿中毒性红斑多数可自行缓解，无需治疗。部分症状明显者的主要治疗方式为外用药物治疗、一般治疗，严重败血症患儿需急症治疗，多数患儿的治疗周期为8~10天。
一、一般治疗
要注意保持皮肤清洁、干燥，怀疑皮损处感染的患儿，进行抗感染、抗炎治疗，发热患儿可用物理降温。
二、急症治疗
出现并发有败血症症状的患儿，应急救处理，医生会根据患者情况，给予吸氧、激素治疗、抗休克治疗等。
三、药物治疗
1、炉甘石洗剂：主要用于本病症状较轻时，具有收敛、保护皮肤的作用，可以使患儿皮肤清洁、干燥。对本药过敏者及过敏体质者慎用。使用时要摇匀，注意避免接触患儿眼睛和其他黏膜(如口、鼻等)。
2、0.5%碘伏：用于红斑产生脓点或继发细菌感染时，以杀灭皮肤表面的微生物，防治感染扩散。对本药过敏者禁用。
3、莫匹罗星：主要用于皮肤脓点或脓疱时，杀灭皮肤细菌，控制炎症，对莫匹罗星或其他含聚乙二醇软膏过敏者禁用。有中度或重度肾损害者慎用，孕妇、过敏体质者慎用。
四、手术治疗
新生儿中毒性红斑无手术治疗。