良性小动脉性肾硬化症主要病因是慢性高血压，因长期高血压可导致肾脏血管壁损害，故此为引发良性小动脉性肾硬化症的主要病因。中至重度高血压、糖尿病肾病、黑人种族是本病的危险因素。
1、高血压：高血压性血管病变和肾小球内高压都会导致肾小球损伤。
2、年龄：良性肾硬化的血管和肾小球病变也可见于老年人，甚至无高血压的患者。这些变化可能与老年人肾小球滤过率（GFR）进行性下降有关。
3、种族：黑人种族易患该病。
4、肾脏疾病：本来就患者肾脏疾病的患者，易引起血管病变，进而发生良性小动脉性肾硬化症。